Không giống như nhiều siêu anh hùng khác, Người Nhện không có một điểm yếu đặc trưng nào, nhưng đây là những cách thường được dùng để đối phó với anh:

• Phá hoại giác quan nhện: giác quan này có thể bị ngăn cản hoặc làm yếu đi bằng một vài loại thiết bị hoặc thuốc thích hợp. Nó cũng không cảnh báo với những thứ không được nó coi là nguy hiểm như các bản sao của Người Nhện, dòng giống ký sinh Venom và Anti-Venom. Khi không có bản năng loài nhện, Người Nhện dễ bị tấn công hoặc nhìn trộm, thậm chí ngay việc chăng tơ cũng cần tập trung cao độ.
• Tiếp cận với Anti-Venom: mặc dù Anti-Venom không thể hóa giải hoàn toàn sức mạnh loài nhện của Người Nhện, nhưng sức mạnh này cũng suy yếu rất nhanh mỗi khi Người Nhện ở gần Anti-Venom. Anti-Venom còn có thể trói Người Nhện bằng thứ tơ nhện phong bế hết khả năng Người Nhện. Nhưng từ khi Eddie Brock tự nguyện mang thể cộng sinh Anti-Venom chữa trị cho người dân New York thì Người Nhện không còn phải lo về điểm yếu này nữa.
• Ethyl Chloride: Có thể xem như một hiệu ứng không mong muốn khi Peter nhận được sức mạnh của nhện. Anh dễ dàng bị khống chế bởi thuốc diệt côn trùng chứa Ethyl Chloride. Bọn Spider-slyers đã sử dụng thứ vũ khí hóa học này.